Przewlekające się i nawracające biegunki są jednym z częstych objawów lambliozy u dzieci Początkowo wiązano je wyłącznie z zaburzeniami wchłaniania jelitowego, wyodrębniając „zespół trzewny w toku lambliozy”. Współcześnie istnieje wiele informacji wskazujących na złożoność zaburzeń prowadzących do biegunki tłuszczowej bądź fermentacyjnej w toku lambliozy. Wchodzą tu w rachubę (w każdym przypadku w innym stopniu) następujące mechanizmy: Uogólnione zaburzenia wchłaniania związane z zespołem „płaskiej błony śluzowej” w toku lambliozy. Z badań opartych na ocenie morfologicznej błony śluzowej dwunastnicy wynika, że tego rodzaju zmiany występują znacznie rzadziej niż początkowo sądzono. Istotnym czynnikiem sprzyjającym zanikowi kosmków w następstwie lambliozy jest wrodzony niedobór lub brak IgA. Doświadczalnie wykazano także, że odnowa nabłonka dwunastnicy ulega zahamowaniu pod wpływem lamblii. Odizolowanie treści pokarmowej od nabłonka jelit przez „kożuch” pasożytów. Zaburzenia funkcji enterocytów prowadzące m. in. do upośledzenia aktywności sacharazy (laktazy). Dekoniugacja żółcianów związana z dysbakterią. Zmniejszenie puli kwasów żółciowych. Zmniejszenie aktywności enzymów trzustkowych.