Leczenie choroby trzewnej należy prowadzić dwoma torami: objawowym i przyczynowym. Do leczenia objawowego, istotnego zwłaszcza we wczesnych fazach choroby i w okresach przełomów celiakalnych, zaliczyć należy przede wszystkim opanowanie zaburzeń gospodarki wodnej, kwasowo-zasadowej, elektrolitowej i białkowej. Pełne zastosowanie mają tu zasady postępowania opracowane w pediatrii dla leczenia patogenetycznego ostrych i przewlekłych stanów biegunkowych i znacznego stopnia wyniszczenia. Ze względu na „blok” wchłaniania ewentualne niedobory witaminowe należy uzupełniać pozajelitowo. W przypadkach wstrząsu gliadynowego przy ciężkim stanie ogólnym konieczne jest niekiedy wprowadzenie do leczenia glikokortykosteroidów. Równocześnie z tego rodzaju postępowaniem wprowadzić należy leczenie przyczynowe. Polega ono na zastosowaniu (niezwykle rygorystycznym) diety bezgluteinowej. Ze względu na trudności techniczne 1 wagę dla wyników leczenia ścisłego przestrzegania diety, zwłaszcza we wstępnym okresie choroby, leczenie dietetyczne winno być prowadzone w warunkach szpitalnych zazwyczaj około 2 miesięcy.